微生物无处不在，如土壤中、淡水中、海水中，乃至海底下、空气中均有。每天我们都在吃入、饮入和吸入微生物。但是，尽管微生物似乎是到处都有，人体却罕有被其侵犯并繁殖后引起感染的。甚至当他们引起了感染，有时因感染十分轻微而不引起任何症状。
相对较少的微生物能直接引起疾病。而大多微生物存在于人体皮肤、口腔、呼吸道、肠道和生殖道（特别是阴道）。一种微生物是否为宿主的无害伴侣或侵犯机体引起疾病取决于微生物本身的特点和人体的防御能力。