宫内或产时感染来自母体。出生后，新生儿的感染常常是医源性的。
生产时，新生儿从宫内无菌的环境来到一个充满微生物的环境。正常情况下，新生儿体内有一些微生物寄生，如正常的消化功能就依靠寄生在新生儿肠道内的细菌。环境中的细菌可以引起疾病。早产儿由于免疫系统不成熟，易受到有害细菌的侵害，此外，早产儿较正常儿接受的治疗和操作更多，受感染的机会更大。